ХААГазар нь: Захиргаа аж ахуйн алба, Мал үржлийн алба, Үйлдвэр, худалдаа үйлчилгээний алба,Хяналтын алба гэсэн 4 албатай нийт 22 орон тоотой орон нутгийн хэмжээнд Хүнс, хөдөө аж ахуйн салбарын чиглэлээр гарсан төр, засгийн бодлого, шийдвэрийг хэрэгжүүлэх үйл ажиллагааг зохион байгуулах үндсэн чиг үүрэгтэй төрийн захиргааны байгууллага болно.
Засгийн газарын 2000 оны 11 дүгээр сарын 22 ны өдрийн 181 дүгээр тогтоол, Засгийн газрын Хэрэг эрхлэх газрын 2000 оны 12 дугаар сарын 07 ны 1448 тоот зөвлөмжийг үндэслэн Засаг даргын 2002 оны 01 дүгээр сарын 07-ны өдрийн 96 дугаар захирамжаар Аймгийн ЗДТГ-ын дэргэд Хөдөө аж ахуйн газрыг байгуулжээ.
Хүнс, хөдөө аж ахуйн сайдын 2005 оны 03 дугаар тушаал, Өмнөговь аймгийн Засаг даргын 2005 оны 03 дугаар сарын 16-ны өдрийн 49 тоот захирамжаар Хөдөө аж ахуйн газар, Мал эмнэлгийн алба, Мал үржлийн албадыг нэгтгэж Хүнс, хөдөө аж ахуйн газар болон өөрчлөгдсөн байна.
Засгийн газрын 2008 оны 67 дугаар тогтоол, аймгийн Засаг даргын 2009 оны 02 дугаар сарын 02-ны өдрийн 26 тоот захирамжаар Хүнс, хөдөө аж ахуй, жижиг дунд үйлдвэрийн газар болж одоогоор Бодлого зохицуулалтын алба, Мал эмнэлгийн алба, Мал үржлийн алба гэсэн 3 алба 24 албан хаагчтай, 15 суманд хөдөө аж ахуй, жижиг, дунд үйлдвэрийн бодлогыг орон нутагт хэрэгжүүлдэг 45 мэргэжилтэн нийт 69 ажилтан, албан хаагчтайгаар үйл ажиллагаагаа явуулж байна. Мөн 15 сумын Мал эмнэлэг, үржлийн ажил үйлчилгээний 26 аж ахуй нэгжтэйгээр хөдөө аж ахуйн салбарын цар хүрээ өргөжин тэлсээр байна.
2008 онд ХААГазар нь Хүнс, хөдөө аж ахуй, жижиг дунд үйлдвэрийн газар болон өөрчлөгдөж 2003-2009 онд А.Алтангэрэл даргаар ажиллаж байсан.
2009- онд Хүнс хөдөө аж ахуй, жижиг дунд үйлдвэрийн газарын дарга Алтангэрэл нь өндөр насны тэтэгэвэртээ гарч Ё.Жамбалдагва даргаа томилогдон ажиллаж эхэлсэн.
2014 онд Хүнс хөдөө аж ахуй хөнгөн үйлдвэрийн яамны шийдвэрээр Хүнс, хөдөө аж ахуй, жижиг дунд үйлдвэрийн газарын нэрийг Үйлдвэр хөдөө аж ахуй болгон өөрчилсөн.
2015 оны 02дугаар 09-ний өдрийн А/18-р сайдын тушаалаар Хүнс, хөдөө аж ахуйн газар нэртэйгээр одоог хүртэл ажиллаж байна.
Захиргаа аж ахуйн алба нь: Байгууллагын өдөр тутмын үйл ажиллагааг удирдан зохион байгуулах, салбарын хүний нөөц, ажилчдын нийгмийн асуудал, тайлан мэдээг нэгтгэн, дүгнэлт, шинжилгээ хийх зэрэг ажлыг хариуцан ажилладаг.
Мал үржлийн алба нь: Мал сүргийн үүлдэрлэг байдал, ашиг шимийн түвшинг дээшлүүлэх, нутгийн шилмэл омгийн малын генефондыг хамгаалах чиглэлээр мал сүрэгт ангилалт, үржлийн хянан баталгаажуулалт явуулж шилмэл хээлтүүлэгч нөхөн сонгох замаар цөм сүргийн тоо толгойг нэмэгдүүлэн ажилладаг.
Үйлдвэр, худалдаа , үйлчилгээний алба нь: Хүнс, худалдаа, нийтийн хоол, ахуй үйлчилгээ, газар тариалан, хоршоо, жижиг дунд үйлдвэрлэлийн чиглэлээр төрөөс гаргасан бодлого шийдвэрийг орон нутгийн онцлог, нөөц бололцоонд тулгуурлан хэрэгжүүлэх ажлыг зохион байгуулдаг.
Хяналтын алба нь: Холбогдох хууль тогтоомж, нийтээр дагаж мөрдөх эрх зүйн актын биелэлтэд хяналт тавьж, илэрсэн зөрчил дутагдлыг арилгуулах, мэргэжил, арга зүйн зөвлөгөө өгөх замаар болзошгүй аюул эрсдэлээс урьдчилан сэргийлэх , таслан зогсоох чиг үүргийг хэрэгжүүлнэ.